在传统的药物研发流程中，靶点发现（target identification）通常聚焦于单一蛋白或通路。但近年来，随着系统生物学与组学技术的发展，科学家越来越认识到：疾病并非由孤立蛋白功能失调所致，而是源于细胞内复杂的蛋白–蛋白相互作用（Protein–Protein Interactions, PPIs）网络紊乱。因此，解析PPI网络，已成为精准靶点发现和机制研究的关键手段。

一、蛋白–蛋白相互作用（PPI）：构建功能网络的关键

1、PPI的定义与生物学意义

蛋白–蛋白相互作用指的是两个或多个蛋白质通过非共价键形成复合物，从而在结构维持、信号转导、代谢调控、免疫识别等过程中协同发挥功能。绝大多数细胞功能依赖于PPI网络的有序运作，失调则可能引发肿瘤、神经退行性疾病、自身免疫病等。

2、为何PPI是药物开发的理想切入点？

相比传统单靶点药物开发，PPI分析具有以下优势：

• 靶点更系统化：通过网络中心性分析（如degree、betweenness等），可优先锁定关键节点蛋白（hub proteins）。
• 机制更具可解释性：能揭示上下游信号事件及潜在交互通路。
• 提高靶向特异性：识别疾病特异性复合体或变异驱动的“新型互作”。
• 开发难成药靶点：如“undruggable”蛋白，可通过其PPI调节间接干预。

二、主流PPI检测技术：从经典到高通量

1、酵母双杂交（Yeast Two-Hybrid, Y2H）

适用于筛选直接相互作用蛋白，灵敏度高、成本低，广泛用于构建PPI图谱。但其无法检测多蛋白复合物或跨膜蛋白间相互作用。

2、免疫共沉淀（Co-IP）+ Western blot

验证已知或预测互作的金标准方法，特异性强，但低通量，依赖高质量抗体，难以覆盖弱或瞬时相互作用。

3、拉下实验（Pull-down assay）

适合研究重组蛋白或标签蛋白互作，操作简便。但与Co-IP类似，通量有限，且非生理状态下的互作可能存在偏差。

4、质谱联合技术：AP-MS 和 BioID

目前，最受欢迎的高通量方法是基于质谱的蛋白互作组分析：

（1）亲和纯化质谱（Affinity Purification–Mass Spectrometry, AP-MS）

利用特异性标签纯化蛋白复合体，再经LC-MS/MS鉴定互作蛋白，适用于稳定复合体的鉴定。

（2）邻近标记法（BioID, TurboID）

将诱导标记酶融合到目标蛋白，在细胞内“就地”标记邻近蛋白，再经质谱分析。可捕捉瞬时/弱相互作用，适合膜蛋白或细胞器内互作研究。

在百泰派克生物科技，我们基于先进的Orbitrap Exploris系列质谱平台，已建立完善的AP-MS + BioID双平台互补方案，实现高灵敏、低背景、高重现性的PPI分析服务。

三、PPI分析推动药物靶点发现的三大场景

1、发现潜在靶点：从互作网络挖掘关键节点

通过构建疾病相关蛋白互作网络，结合网络拓扑学分析，可优先识别“高度连接”的枢纽蛋白。例如，肿瘤中高表达并处于PPI网络中心的蛋白常为驱动因子，具备成为治疗靶点的潜力。

2、精准机制研究：识别互作位点与调控因子

结合质谱结果与结构建模，可定位互作界面，揭示干预可能性。例如，某些小分子药物通过破坏关键PPI位点，实现间接抑制“难以成药”的蛋白。

3、靶点验证与药效监测：PPI变化作为功能读数

药物处理后，PPI网络发生变化可作为疗效判断依据。例如，靶向治疗后下游信号复合物解聚，提示通路被抑制，有助于机制评价。

四、结合多组学数据，提高靶点发现精度

PPI分析虽强大，但单一维度可能产生“背景噪声”或“伪互作”。因此，结合其他组学信息尤为关键：

• 蛋白质组学：筛选差异表达蛋白，交叉验证互作节点
• 磷酸化组学：揭示调控PPI的激酶活性与修饰位点
• 转录组/单细胞组学：提供细胞类型特异性表达背景

百泰派克生物科技支持全流程多组学集成分析，从样本处理、质谱采集到生信解读，帮助客户实现从“候选靶点→机制验证→功能注释”的完整闭环。

蛋白–蛋白相互作用分析不仅拓展了药物靶点的搜索范围，也提升了机制研究的系统性与精准度。随着质谱技术的持续进化与生物信息工具的日臻完善，PPI将成为链接组学数据与功能靶点之间的关键桥梁。在百泰派克生物科技，我们致力于提供高通量、高质量、可重复的蛋白互作组分析服务，助力科研人员从复杂的蛋白网络中挖掘具有转化潜力的新型靶点，推动从基础研究到药物开发的关键一跃。

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

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